初期座標
明日は予定が詰まっているので科研費申込は完了させた…わかりやすく書いたつもりだが大丈夫か不安．いつも不安ですけど．この研究領域が，けっこうわかりづらいかもしれない．論文投稿がまったく間に合わなかったし．
＊＊＊＊＊＊
理論計算するとき，とりあえず計算を始めて何度も計算をかけて収束したらいずれ似た結果になっていく…そんないい加減な考え方をしていましたが，違いますね．
そうなると結構難しい．
計算開始時の初期座標が望みの結果を左右している…今回のケースもそうかもしれない．今回は雑然とした初期座標から計算開始を繰り返していたので，よくわからない部分もある．
計算を始めた当初は「まったく収束しない」という事態に陥ったこともあり，今ひとつよくわからず初期座標として二面角を５度ずつずらしてみたり．結合長を変えてみたり…
若干の懸念点があります．
今回の計算は置換基によっては実測値を裏付けしません．一方で置換基によっては実測値を裏付けする…ただ初期座標の問題が出てくると，裏付けの可否に関する解釈が変わってきます．
理論計算で裏付けされない分子構造は，計算開始時の初期座標が妥当ではない場合，となるおそれもある．
計算を始めた頃あまりにもうまくいかなかったので，分子構造をこねくり回していたんですよね…置換基によってはそれで妥当な初期座標におさまった可能性がある．
ということは手元に「うまく収束していった初期座標」がないと，ゼロからの再構築に時間がかかる．理論計算も意外とノウハウみたいなものが出てきてしまうのかもしれない．
論文のSupporting Informationに座標が掲載されていますが，それで計算すれば妥当な結果に結びつくだろうけど，ゼロから組み上げた初期座標から再現しようとすると無理なものもありそうですねぇ…